Les programmes de recherche sont basés sur les priorités nationales notamment la sécurité alimentaire, le maintien de la base productive et l’amélioration du niveau de vie des producteurs. Chacun de ces programmes est logé dans un département. Il s’agit des programmes suivants :
- Accroissement des productions sous irrigations et des cultures de décrue, logé au DCI ;
- Accroissement et diversification de la production par la modernisation des cultures pluviales, logé au DCP ;
- Intensification des productions animales, logé au DPA ;
- Gestion durable des terres et des écosystèmes, logé au DGRN ;
- Systèmes de production et transfert de technologies, logé au DESR/TT ;
- Transformation, agroalimentaires, logé au DCP ;
- Aquaculture et Pêche, logé au DGRN.
Il faut noter que ces programmes de recherche sont inclus dans des axes stratégiques retenus dans le plan stratégique 2019-2028 de l’INRAN.